Yamato adalah orang yang sangat berhati-hati dan umumnya sangat siap. Dia menunjukkan sikap tenang dan tabah bahkan dalam situasi yang sangat menegangkan. Dia menjalankan misinya dengan sangat serius, bahkan bersikeras untuk dirujuk oleh apa pun nama kodnya ketika ini. Di anime, tidak memiliki keluarga atau kenangan tentang mereka, keinginan terbesar Yamato adalah bekerja keras untuk desa untuk membuat orang lain bahagia dan diakui oleh semua orang atas usahanya, terutama sebagai pemimpin Tim 7, seperti yang diungkapkan oleh Tsukuyomi Tak Terbatas. Yamato juga sangat tertarik pada arkitek yang dapat dilihat saat dia pergi menjalankan misi dan membuat rumah untuk "berkemah". Keterampilan untuk menggabungkan hobinya dengan kekkei genkai juga terlihat setelah serangan Pain di Konoha dimana dia adalah kuncinya dalam menciptakan kembali desa. Meskipun dia telah bersikap baik sejauh ini, Yamato mengaku sebagai pemimpin yang berbeda dari Kakashi, orang yang tidak di atas "memerintah dengan menggunakan teror" ketika timnya berperilaku buruk. Selain dari keahliannya yang jelas penintipan sebagai seorang ninja, bagaimanapun, "teror" ini sejauh ini terutama terdiri dari ekspresi "mata hantu" yang menyeramkan atas tuduhannya. Naruto, terutama, mudah ketakutan olehnya, dan menyatakan bahwa ia merasa seperti Yamato yang mengendalikannya dengan rasa takut - sesuatu yang Yamato sendiri telah catat bahwa ia tidak memiliki keraguan. Dia juga kurang bertolak ansur dalam jenaka Naruto dan kurang menghormati aturan daripada Kakashi. Dia, bagaimanapun, juga cenderung menjadi korban dari lawak kejam ketika diberikan informasi yang menyesatkan, sebagai saksi ketakutan yang terlihat dan gangguan berikutnya ketika Killer B dengan jahat bergurau tentang bahaya jinchūriki mencoba untuk mengendalikan monster berekor mereka. Di anime, dia diperlihatkan menggunakan wajah ketakutannya dengan cara yang lebih lucu ketika dia membuat jembatan untuk Naruto dan yang lainnya dan bertanya apakah Naruto selesa dia ikut.

Terlepas dari sikapnya yang serius dan terkadang terlalu banyak bekerja, Yamato dikenal agak suka bermain, seperti kecenderungannya untuk mengenakan Naruto selama waktu istirahat mereka dalam misi. Dia biasanya melakukan ini dengan menggunakan penampilan menakutkan pada mata hantu atau klon kayu untuk menakut-nakuti Naruto selama cerita hantu, menunjukkan bahwa dia memang memiliki selera humor di balik semua tanggung jawab dan keseriusan itu. Dia juga menyadari kecenderungannya untuk terlalu banyak bekerja oleh rekan-rekannya dan menjadi frustrasi oleh kurangnya apresiasi mereka tentang betapa melelahkannya teknik Elemen Kayu meskipun kegunaan dan keserbagunaannya jelas.

Yamato dikenal menghormati peringkat, karena dia mengatakan pada Naruto, yang merupakan Hokage Ketujuh, untuk tidak memanggilnya "Kapten Yamato" lagi.